Dəniz səviyyəsindən yuxarı 1600 m yüksəkliklərdə qaragilə, nadir halda qaraçöhrə, meşə gilası, dəfnəgilənar, şabalıd (çox nadir) və s. bitkiləri görmək olar.
Milli parkın nüvə hissəsi 2010-cicu ilin əvvəllərinədək mövcud olan ərazinin təqribən 40-45%-ni əhatə etmişdir. Praktiki olaraq istifadə olunmayan və əsrlərlə toxunulmamış, indiki günümüzə qədər istifadəsiz formada gəlib çıxmış unikal meşə örtükləri təbii ki, Milli Parkın nüvəsi olan hissəyə aid edilmişdir. Milli Parkın nüvəsi bir sıra tələblərə cavab verməlidir; ərazinin florası heç bir kənar təsirə məruz qalmamalı, fauna növlərinin həyat tərzinə heç bir müdaxilə olunmamalıdır, yalnız tədqiqat və elmi məqsədlərlə, xüsusi icazə olduqda bu ərazilərdə bu və ya digər işlərin aparılmasına yol verilir
.
Parkın ərazisində nadir olan, həmçinin geniş yayılmış bitkilərin əksəriyyətinin adları Azərbaycan Respublikasının Qırmızı Kitabına daxil edilmişdir. Bunlardan [[Hirkan şumşadı]], [[Hirkan ənciri]], [[Hirkan armudu]], [[Şabalıdyarpaq palıd]], [[Dəmirağac]], [[Hirkan bigəvəri]], [[Qafqaz xurması]], [[budaqlı qanayadanaya]], [[İpək akasiyası]], [[Xəzər lələyi]], [[ürəkyarpaq qızılağac]] və s. göstərmək olar. Həmçinin, Parkda Azərbaycan Respublikasının “Qırmızı Kitab”ına daxil edilmiş endemik ot bitkiləri də geniş yayılmışdır. Bunlardan nazikyarpaq anoqramma, Hirkan xincolusu, Radde ayıdöşəyini və s. göstərmək olar. Bu bitkilər meşələrin aşağı yarusunun yaranmasında mühüm rol oynayırlar.
