Folklor İnstitutu 1994-cü ildə AMEA Nizami adına Ədəbiyyat İnstitutu nəzdində "Folklor sarayı" Elmi Mədəni Mərkəzi kimi fəaliyyətə başlamışdır. Fəaliy¬yətininFəaliyyətinin ilk illərində Mərkəz Azərbaycan folkloru, Türk xalqları folkloru, Aşıq yaradıcılığı və Kompyuter mərkəzi kimi struktur bölmələrdən ibarət olmuş, 2000-ci ildə "Kitabi Dədə Qorqud"un 1300 illik yubileyi ilə əlaqədar olaraq Qorqudşünaslıq şöbəsi ilə zəngin¬ləşmişdirzənginləşmişdir. 2003-cü ildən isə AMEA-nın müstəqil struktur vahidinə - Folklor İnstitutuna çevrilmişdir.
