41 dəfə [[Avropa]] kuboklarında iştirak edib. Bundesliqada xeyli çempionluğu var. Hazırda [[Bundesliqa|Almaniyanın,]] o cümlədən dünyanın '''ən güclü''' komandasındankomandalarından biri sayılır. 2009/10 mövsümündə '''Çempionlar liqasında''' final mərhələsinə yüksəlmiş, lakin finalda İtaliyanın İnter klubuna Militonun 2 qolu ilə 2-0 məğlub olmuş, kuboku qazana bilməmişlər. Bavariya 2011/2012 mövsümündə də [[UEFA Çempionlar Liqası]]nda yarımfinalda Real Madridi məyus edərək, finala çıxıb. Bavariyanın finaldakı rəqibi Çelsi oldu. Lakin 1-1 bitən maçda penalti zərbələri ilə 4-3 uduzan Bavariya çempion 5-ci dəfə bu kuboku qazana bilmədi.2012/2013 mövsümündə finalda [[Borussiya Dortmund FK|Borussiya Dortmund]]<nowiki/>u məğlub etdi.
