Oğullarının tərəfdar toplamağa başlamalarını görən [[Qanuni Sultan Süleyman]] onları bir-birlərindən uzaqlaşdırmış, [[1558]]-ci ildə Səlimi[[Şahzadə Səlim]]i [[Konya]]ya , Bəyazidi isə [[Amasiya]]ya göndərmişdir. Bəyazid bunu özünə bir təhqir saydı və [[Kütahya]]da qalmağa çalışdı . Ancaq atasının israrları nəticəsində 21 dekabr [[1558]]-ci ildə [[Amasiya]]ya getmək məcburiyyətində qaldı. [[Qanuni Sultan SüleymaSüleyman]]n onu müxtəlif vədlərlə başını qatmağa çalışarkən, o bir məktubunda atası üçün '''"padşah olan yalan söyləyərmi"''' dedi və tərəfdar toplamağa davam etdi.
[[Qanuni Sultan Süleyman]] , eyni şəkildə Səlimin[[Şahzadə Səlim]]in də əsgər toplamasını söyləmiş və [[Sokollu Məmməd Paşa]]nı ona köməyə göndərmişdir. Bu vaxt Bəyazidin Bayrağında çıxması üsyan olaraq qiymətləndirildi və [[Şeyxülislam Ebusuud]] və başqa din adamları tərəfindən öldürülməsinin vacib olduğuna dair fətvalar verildi.
Bu əsnada [[Amasiya]]dan [[Ankara]]ya gəlmiş olan Bəyazid , 29 May [[1559]]-cu ildə [[Konya]] yaxınlığında Səlimin ordusuyla vuruşdu, ancaq 2 gün davam edən döyüşdə məğlub oldu. Bundan sonra [[Amasiya]]ya geri dönərək və müfti [[Muhyiddin Cürcani]]yi atasının yanına bağışlanılması xahişi üçün göndərdi.