Əmir Teymur 18 Mart 1408 tarixində, İtaliyaya axtınınsəfərə gedərkən Otrar'da 69 yaşında öldü. Dərhal, Səmərqəndə gətirilərək nəvəsi Xəlil Sultan tərəfindən, daha əvvəl ölmüş olan nəvəsi Məhəmməd Sultanın Ruh Abâd yaxınlarındakı mədrəsəsinə dəfn edildi. Teymur, nəvəsi Məhəmməd Sultanı taxtının varisi kimi görürdü. Ancaq Məhəmməd Sultanın d1404-ci ildə, gözlənilməz şəkildə gənc yaşında ölümünün ardından Teymur bu çox sevdiyi və ardılı olaraq gördüyü nəvəsi üçün Səmərqəndin seçmə bir təpəsində adına yaraşar bir böyük mozeleum inşasını əmr etmiş Məhəmməd Sultan bura dəfn edilmişdi. Mozeleum, abidə məzar, məscidi və mədrəsə strukturlarından meydana gəlirdi. Teymur da ölümünün ardından çox sevdiyi nəvəsinin yanına dəfn edildi. O zamandan sonra Gur Əmr, bütün Teymur xanədanın birlikdə yatdığı abidə məzar vəziyyətinə gətirildi. Teymurun ölümündən sonra oğlu Şahruh, digər oğlu Miranşah və nəvəsi Uluqbəy bura dəfn edildi. Gur Emir Mavzoleyi yeddi hissədən ibarət idi: Sağda müsəlmanların dua etdiyi hanaka, solda mədrəsə və mərkəzdə mosoleum, iki tərəfində abidəsi tamamlayan iki minarə. Mədrəsə və hanaka günümüzə çata bilməmişdir. Abidənin yüksək qübbəsinin altında üç sıra halında yan-yana yatan on qədər mərmər məzar daşı olmaqla birlikdə Yalnız Teymurun mezartaşı qara rəngdə nephritis daşıdır ancaq bura simvolik məzardır. Gerçək məzar bu salonun altındakı salonda var və ziyarətə açıq değildir.Teymurun bədəni, daş lahdinin içində yatmaqdadır. İslam ənənəsi ilə başı Məkkədəki Kəbəyə istiqamətlidir. Orta Asiya ənənəsində müqəddəs ölülərin məzarlarına qoyulan at quyruğunun burada da olduğu mozelenin təmiri əsnasında ortaya çıxarılmışdır. Qazaxıstanda vəfat etmişdir.Deyilənə görə Əmir Teymur deyib ki, kim onun qəbrini açsa,onun başına bəla gələcək.1939 cu ildə onun qəbri açıldı, və 2 saat sonra II Dünya müharibəsi başladı.
