[[1553]]-cü ildə [[İstanbul]]<nowiki/>da dünyaya gəlmişdir. [[Sultan Süleyman Qanuni|Sultan Süleyman]] dövrünün başqazılarından İskilipli Molla Cəfər Çələbinin oğludur. Atasından və Zənbillizadə Fudayl Çələbidən dərslər aldı və daha sonra əmisi oğlu [[Əbussuud Əfəndi]]<nowiki/>nin [[Müridizm|müridi]] olaraq [[1569]]-cu ildə [[mədrəsə]] təhsilini tamamladı. [[Müdərris]] olaraq [[1571]]-ci ilin [[fevral]]ında [[Beşiktaş]]d<nowiki/>akıdakı Xeyrəddin Paşa mədrəsəsinə təyin edildi. [[1576]]-cı ilin [[aprel]]i<nowiki/>ndəində Mahmud Paşa mədrəsəsinə, [[1580]]-ci ildə Şah Sultan mədrəsəsinə, [[1580]]-ci ilin [[sentyabr]]ı<nowiki/>ndaında Hangah mədrəsəsinə, [[1582]]-ci ilin [[sentyabr]]ında [[Sahn-ı Səman mədrəsələri|Sahn-ı səman]] mədrəsəsinə [[müdərris]] təyin olundu. Sonuncu vəzifəsində 3 il qaldıqdan sonra [[1585]]-ci ilin [[oktyabr]]ında [[Şahzadə məscidi|Şahzadəbaşı mədrəsəsi]]<nowiki/>nə, [[1588]]-ci ilin [[iyul]]<nowiki/>unda [[Üsküdar]]<nowiki/>dakı Validə-i Atik mədrəsəsinə [[müdərris]] oldu.
Sunullah Əfəndi bundan sonra ənənəvi olaraq [[qazı]]<nowiki/>lığa keçdi və [[Bursa]]<nowiki/>da çıxan böyük yanğından sonra Əbussuudzadə Mustafa Əfəndinin yerinə [[1590]]-cı ilin [[sentyabr]]ında [[Bursa]] [[qazı]]<nowiki/>sı oldu. Ardından [[1591]]-ci ilin [[aprel]]<nowiki/>ində [[Ədirnə]] və [[2 may]] [[1592]]-ci ildə [[İstanbul]] [[qazı]]lığına gətirildi. Həmin il [[19 iyul]]<nowiki/>da [[Anadolu əyaləti|Anadolu]] başqazısı, [[13 iyul]] [[1593]] tarixində isə [[Rumeli əyaləti|Rumeli]] başqazısı seçildi. [[III Mehmed|Sultan Mehmed]]<nowiki/>in [[cülus]] mərasimində [[Rumeli əyaləti|Rumeli]] başqazısı olaraq iştirak etdi. [[Cülus]] mərasimindən sonra baş tutan vəzifə dəyişikliyi səbəbilə o da təqaüdə çıxarıldı. Bundan başqa [[1598]]-ci ilin [[avqust]]<nowiki/>unda maaşı 50 axca artırıldı.
Nəhayət, [[Xoca Sadəttin Əfəndi]]<nowiki/>nin vəfatının ardından [[2 oktyabr]] [[1599]] tarixində ilk dəfə [[şeyxülislam]] oldu. [[Şeyxülislam]]<nowiki/>lığı dövründə sosial məsələlərdən başqa siyasi hadisələrdə də söz sahibi oldu. Belə ki, saraya və xüsusilə [[Safiyə Sultan|Validə Safiyə Sultan]]<nowiki/>a yaxınlığı ilə tanınan [[Yəhudilər|yəhudi]] [[tacir]] Esparanzo Malchi bütün iltizam hüququnu və gömrük məsələlərini ələ almış, bu səbəblə ayaqlanan [[sipahilər]] Sunullah Əfəndini də öz tərəflərinə çəkmişdi. Üsyançıların ölümünü istədiyi şəxslərin sürgün edilməsini tələb etsə də, üsyanın idarəsini itirdi və nəticədə Esparanzo və iki oğlu qətlə yetirildi. Bu səbəblə [[Safiyə Sultan|Validə Safiyə Sultan]]<nowiki/>la münasibətləri pisləşdi. Dövlət məsələlərindəki səriştəsiz qərarları səbəbilə [[2 avqust]] [[1601]] tarixində vəzifədən alındı. Bu məsələdə yeni [[sədrəzəm]] [[Yemişçi Həsən Paşa]] ilə arasındakı düşmənliyin önəmli rolu olmuşdu. Bir ildən çox vəzifədən kənar qalan Sunullah Əfəndi yenə də dövlət məsələlərindən uzaqlaşmadı. Məsələn, [[Sədrəzəm|sədarət]] [[Regent|naibi]] [[Kürəkən Xəlil Paşa]]<nowiki/>nın rüşvət almasını [[III Mehmed|Sultan Mehmed]]ə xəbər verərək yerinə [[Yemişçi Həsən Paşa|Həsən Paşa]]<nowiki/>nın, daha sonra isə yaxın adamı Gözəlcə Mahmud Paşanın gətirilməsində önəmli rol oynadı.
Sunullah Əfəndi [[5 yanvar]] [[1603]] tarixində ikinci dəfə [[şeyxülislam]]<nowiki/>lığa gətirildi ancaq 34 gün sonra [[7 fevral]]<nowiki/>da vəzifədən alındı. Bunun səbəbi isə [[sədrəzəm]] [[Yemişçi Həsən Paşa]] əleyhindəki hərəkətləri idi. Bu çəkişmələr əsnasında Sunullah Əfəndi və Gözəlcə Mahmud Paşa [[sipahilər]]i, [[sədrəzəm]] [[Yemişçi Həsən Paşa]] isə [[yeniçərilər]]i dəstəkləyirdi. Haqqında [[Rodos]]a sürgün qərarı çıxsa da, qaçıb gizlənən Sunullah Əfəndi, bir müddət sonra [[Yemişçi Həsən Paşa|Həsən Paşa]]<nowiki/>nın edamı ilə yenidən gücləndi. [[III Mehmed|Sultan Mehmed]]<nowiki/>in vəfatı və yerinə keçən oğlu [[I Əhməd|Sultan Əhməd]]<nowiki/>in [[cülus]]<nowiki/>undan sonra üçüncü dəfə [[şeyxülislam]] oldu ([[8 iyun]] [[1604]]). Bu dövrdə yenə müxtəlif siyasi və hərbi məsələlərə adı qarışdı. Xüsusilə də [[sədrəzəm]] [[Bosniyalı Dərviş Mehmed Paşa|Dərviş Mehmed Paşa]] ilə münasibətləri pisləşdi. Nəhayət, onun da təsiriylə [[28 iyul]] [[1606]] tarixində vəzifədən alındı. Ancaq bu çox çəkmədi və [[Əbülməyamin Mustafa Əfəndi]]<nowiki/>nin vəfatının ardından [[23 noyabr]] [[1606]] tarixində yenidən [[şeyxülislam]] oldu. Bu təyinatda [[I Əhməd|Sultan Əhməd]]<nowiki/>in [[Bosniyalı Dərviş Mehmed Paşa|Dərviş Mehmed Paşa]]<nowiki/>ya olan inamsızlığının xüsusi rolu oldu. Belə ki, çox keçmədən Sunullah Əfəndinin də təşviqi ilə [[sədrəzəm]] [[Bosniyalı Dərviş Mehmed Paşa|Dərviş Mehmed Paşa]] vəzifədən alınaraq edam edildi və yerinə [[Quyucu Murad Paşa]] gətirildi. Ancaq bir müddət sonra Sunullah Əfəndi [[Krım xanlığı]]<nowiki/>na təyinat məsələsinə qarışması və dövlət adamları ilə münasibətlərinin pisləşməsi səbəbilə [[I Əhməd|Sultan Əhməd]] tərəfindən yenidən vəzifədən alındı ([[5 iyun]] [[1608]]). Bundan sonrakı həyatını [[İstanbul]]<nowiki/>dakı köşkündə dövlət məsələlərindən uzaq keçirən Sunullah Əfəndi [[1611]]-ci ildə [[həcc]]ə getdi. [[Həcc]] ziyarətindən döndükdən bir müddət sonra [[10 aprel]] [[1612]]-ci ildə [[İstanbul]]<nowiki/>da vəfat etdi. Cənazəsi [[Mahmud Hüdayi]] tərəfindən [[Fateh məscidi]]<nowiki/>ndə qılındı və vaxtilə vəfat edən böyük oğlu Mehmed Çələbinin yanına dəfn olundu.
Hacı Mustafa Sunullah Əfəndinin daxil olduğu hadisələr yalnız elmi sahəyə deyil, Osmanlı hərb və siyasi mühitinə də təsir etmişdir. Xüsusilə də [[Yeniçərilər|yeniçəri]] və [[sipahilər]] arasındakı uçurumun dərinləşməsinə səbəb olmuşdur.
