1533-cü ildə dünyaya gəlmişdir. Atası [[Sultan Süleyman Qanuni|Sultan Süleyman]] dövrünün [[qazəsgər]]lərindən Malul Mehmed Əmin Əfəndidir. Naqibüləşrəf olaraq xidmət göstərdiyi üçün Naqib ləqəbi ilə anılır. Uzun müddət dayısı [[Əbussuud Əfəndi]]nin [[Müridizm|müridmüridi]]i olmuş, daha sonra qızıyla evlənərək kürəkəni olmuşdur. Əvvəlcə [[Bursa]]da Qasımpaşa mədrəsəsində, ardından [[İstanbul]]da Piri Paşa mədrəsəsində [[müdərris]] oldu. 1561-ci ilin dekabrında Müftizadə Əhməd Çələbinin yerinə [[Sahn-ı Səman mədrəsələri|Sahn-ı səman]], 1563-cü ilin fevralında [[Səlimiyyə məscidi|Sultan Səlim]] mədrəsəsinə [[müdərris]] təyin edildi. Ardından qazılığa keçərək sırayla [[Hələb əyaləti|Hələb]] (may 1566), [[Dəməşq əyaləti|Dəməşq]] (iyun 1567), [[Misir əyaləti|Misir]] (iyul 1569), [[Bursa]] (noyabr 1570) və [[Ədirnə]] (fevral 1572) [[qazı]]sı oldu. 1573-cü ilin mayında [[Anadolu əyaləti|Anadolu]] başqazısı oldu ancaq 1575-ci ilin oktyabrında bu vəzifəsindən öz istəyilə ayrıldı və [[dərviş]] həyatına keçdi. 1576-cı ilin iyulunda Bağdadizadə Həsən Çələbinin yerinə naqibüləşrəfliyə, 1579-cu ilin aprelində [[Rumeli əyaləti|Rumeli]] başqazlığına gətirildi. Bir il sonra da [[Qazızadə Əhməd Şəmsəddin Əfəndi]]nin vəfatının ardından [[şeyxülislam]] oldu (25 may 1580). Ancaq bilinməyən səbəblə 21 yanvar 1582 tarixində vəzifədən ayrıldı. Bəzi mənbələr bu istehfanın Malulzadənin öz istəyilə olduğunu, [[İbrahim Peçevi|İbrahim Peçəvi]] başda olmaqla digər məşhur tarixçilər isə bu istehfanın pəırdə arxasında [[Xoca Sadəttin Əfəndi]]nin olduğunu qeyd edir.
[[Şeyxülislam]]lıqdan ayrıldıqdan sonra naqibüləşrəfliyə davam edən Malulzadə Mehmed Əfəndinin səhhəti 1584-cü ilin yanvarında oğlu İshaq Əfəndinin vəfat etməsindən sonra pisləşdi. Nəticədə 14 yanvar 1585-ci ildə vəfat etdi və cənazəsi atasının [[Ədirnəqapı]]dakı məzarının yanına dəfn edildi.
